Madagascar étant une île possède une potentialité élevée en matière de Biodiversité côtière et marine. Les principaux écosystèmes marins et côtiers comprennent les mangroves, les récifs coralliens, les lagunes, les plages sableuses, les plages de galets et les affleurements rocheux.
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Les principaux écosystèmes aquatiques de Madagascar sont : les eaux souterraines et les eaux continentales de surface ou zones humides d’eau douce.
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A Madagascar, la Carte des formations végétales et Domaine forestier national, basée surtout à partir des études faites par M. H. Faramalala (1995), représente la situation la plus actuelle des écosystèmes terrestres.
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La faune de Madagascar se différencie de celle du continent africain tout proche par son très fort taux d’endémisme et l’absence de grands fauves.
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